Nie mamy tu do czynienia tylko z samym GNU/Linuksem, ale także z ogromnymi zbiorami programów na wolnych licencjach, przeznaczonych na różne systemy, często na dwa lub więcej jednocześnie. Istnieją jednak tak zwane killer-app, czyli programy stanowiące potęgę w swoim gatunku. Poniżej przedstawiamy pokrótce te perełki.

Ponadplatformowe (działają w środowisku GNU/Linux, Windows, a czasami także MacOS X)

• Firefox, najlepsza obecnie na rynku przeglądarka WWW. Szczyci się najpełniejszą obsługą standardów W3C (specyfikacji opisujących sposób tworzenia stron, takich jak (X)HTML, CSS, SVG, PNG) oraz ogromem możliwości samego interfejsu (np. blokowanie wyskakujących reklam). Więcej na ten temat w artykule Przeglądarki WWW (dostępnym też w formacie PDF) oraz w serwisie VivaMozilla.
• Thunderbird, konkurencyjny dla Outlooka Expressa klient poczty i grup dyskusyjnych. Od pewnego czasu przewyższa swój pierwowzór pod względem funkcji, które w dodatku mogą być zwiększane przy pomocy dodatkowych rozszerzeń. Od wersji 1.0 program obsługuje także kanały RSS.
• OpenOffice.org, nowoczesny pakiet biurowy o możliwościach zbliżonych do komercyjnego Microsoft Office. Niektóre jego elementy (jak Writer) prezentują wyższy poziom od konkurenta (Worda), a niektóre (jak Impress) niższe (niż PowerPoint). Pakiet dostępny jest w polskiej wersji językowej na stronach producenta UX Systems. Można tam pobrać wersję darmową oraz nabyć komercyjną (wzbogaconą o wsparcie techniczne i inne dodatki). Na bazie OpenOffice.org powstał też komercyjny pakiet OpenOfficePL. Sun Microsystems w oparciu o OpenOffice.org buduje swój komercyjny produkt: StarOffice.
• GIMP (GNU Image Manipulation Program) to dystrybuowany na licencji Wolnego Oprogramowania, w pełni darmowy program graficzny. Entuzjaści porównują go do komercyjnych produktów ze stajni Adobe. Bardziej sceptyczni akceptują pewne niedoskonałości, jak choćby brak obsługi CMYK czy niezbyt wygodny interfejs. Pomimo jednak drobnych wad, program jest jednym z popularniejszych i szerzej znanych produktów świata Wolnego Oprogramowania. Wykorzystywany jest bardzo często zawodowo przez twórców stron WWW, natomiast dzięki darmowości, wiele osób wykorzystuje go także do drobnego retuszu posiadanych zdjęć.
• Sodipodi, porównywany do CorelDrawa® czy też Adobe Illustratora® program do obsługi grafiki wetorowej. Używa formatu plików W3C SVG, który został zaprojektowany ze specjalnym uwzględnieniem potrzeb WWW.
• Inkscape, młodszy brat SodiPodi. Powstał, gdy część programistów związanych z SodiPodi uznała, że mają inny pomysł na rozwój programu. Faktycznie, już w pierszych wersjach zmieniono interfejs, a kolejne przynoszą coraz więcej nowości. Głównym założeniem jest stworzenie programu z pełną obsługą XML, SVG oraz CSS2.
• VNC (Virtual Network Computing), oprogramowanie do zdalnej kontroli komputera, które umożliwia podłączenie do jednego komputera (pełniącego rolę serwera VNC) przy pomocy prostego programu (ang. viewer) uruchomionego na innym komputerze, gdziekolwiek w Sieci. Obydwa komputery nie muszą być tego samego typu. Możliwe jest np. podłączenie do biurowego GNU/Linuksa z domowego Windows. Klienty dostępne są na różne platformy (istnieje także klient działający jako aplet Jawy, w przeglądarce WWW). Poglądowo obrazuje to rysunek na stronie producenta. Program ten często jest wykorzystywany w szkołach, gdyż tam występuje potrzeba czy to oglądania jak postępują prace ucznia, czy też wręcz zademonstrowania mu jak powinien wykonać daną czynność. Niektórym nauczycielom VNC zastępuje projektor, gdyż dzięki odpowiedniemu użyciu nasłuchującego klienta, możliwe jest automatyczne podłączanie podglądu nauczycielskiego pulpitu do ekranów wszystkich uczniów.
• QCad to aplikacja do wspomaganego komputerowo projektowania w dwóch wymiarach. Przy jej pomocy można tworzyć rysunki techniczne takie jak plany budynków, wnętrz pomieszczeń czy elementów urządzeń mechanicznych. Kod źródłowy programu dostępny jest na licencji GPL, dzięki czemu wersje linuksowe dostępne są bezpłatnie. Polską wersję działającą pod Windows sprzedaje OpenOfficePL.
• 7-zip, program archiwizująco-kompresujący. Obsługuje takie formaty jak ZIP, CAB, RAR, ARJ, GZIP, BZIP2, TAR, CPIO, RPM i DEB. Dodatkowo własny format 7zip o bardzo wysokiej wydajności.
• Blender, rozwijany początkowo jako komercyjne oprogramowanie, niedawno został sprzedany społeczności OpenSource. Doceniając jego potęgę, ludzie z całego świata zbierali się na wykupienie kodu źródłowego. To wszechstronny program graficzny wspomagający projektowanie obrazów 3D.

Uniksowe (działające w GNU/Linuksie, FreeBSD i podobnych)

• GNOME (GNU Network Object Model Environment), środowisko graficzne przeznaczone głównie dla tak zwanego Zwykłego Użytkownika, czyli osoby chcącej lekko i przyjemnie obsługiwać komputer. Założenia projektowe sprowadzają możliwości interfejsu do niezbędnego minimum. Grafika zaprojektowana jest wyraźnie, w stonowanej kolorystyce. Stawiany jest duży nacisk na spójność i wygodę interfejsu oraz na zgodność ze specjalnym dokumentem (GNOME Human Interface Guidelines) opisującym ułożenie opcji i zachowanie się aplikacji. Osoby zaawansowane mogą czuć się w nim nieco ograniczone.
• KDE (K Desktop Environment), środowisko graficzne starsze od GNOME, powstało w czasach, gdy na komputerach PC królował Windows 3.x. Posiada o wiele więcej możliwości niż GNOME, jednakże nadal jest przyjazne dla użytkownika i świetnie łączy w sobie wygodę użytkowania z możliwościami. Bardziej kolorowa grafika i śmiały wygląd iterfejsu sprawia, że osoby nawykłe do spokojnej tonacji GNOME czy Windows nieraz krytykują wygląd KDE. Oczywiście, dzięki serwisom takim jak np. kde-look.org bardziej biegły użytkownik może dowolnie dobrać wygląd interfejsu.